CopyPaste erlaubt es, ausgewählte Objekte mit verschiedenen Werkzeugen zu bearbeiten. Diese Werkzeuge sind "Plug In"-Module, die in CopyPaste fest installiert sind. Die CopyPaste-Werkzeuge sind aufgeteilt in Text-, Bild-, Datum/Zeit-, Internet- und Spezialwerkzeuge. Sie lassen sich über die Palette bedienen oder auch aus dem "Werkzeuge"-Untermenü im "Bearbeiten"-Menü eines Programms.
Die Werkzeuge wirken unterschiedlich, wenn die Mehrfach-Clip-Palette oder der Clip-Betrachter gerade geöffnet ist. Im Clip-Betrachter wirken die Werkzeuge direkt auf die Daten, die in der Zwischenablage sind. In allen anderen Fällen wird bei Aufruf eines Werkzeuges zuerst das ausgewählte Objekt kopiert und dann das Werkzeug auf die kopierten Daten angewandt, und das Ergebnis wird gegebenenfalls eingefügt. So erscheint es, als wirke das Werkzeug direkt auf die ausgewählten Objekte.
In den CopyPaste-Voreinstellungen gibt es den Knopf "Werkzeug-Einstellungen...", mit dem Sie ein Fenster öffnen können, in dem Sie den Werkzeugen Tastatur-Kurzbefehle zuordnen können. CopyPaste stellt etliche unterschiedliche Werkzeuge zur Verfügung. Wenn Sie nicht alle Werkzeuge in den Menüs sehen wollen, ist es in den Werkzeug-Einstellungen möglich, einzelne Werkzeuge ein- oder auszuschalten.